تكون القناة الهضمية عند الولادة عقيمة خالية من الكائنات الحية الدقيقة ولكن بعد ساعات من الولادة تبدأ الكائنات الحية الدقيقة في الاستيطان في القناة الهضمية. وبعد عدة سنوات تكون النبتة المعوية قد تطورت تطورا كاملا. وتختلف هذه النبتة المعوية في الإنسان البالغ من فرد إلى آخر اعتمادا على مكان المعيشة ونوعية الأطعمة المتناولة وربما تعتمد أكثر على الوراثة. ففي بعض الأفراد قد تتغير دائما هذه النبتة المعوية وفي البعض الآخر تبقى ثابتة. وتعد النبتة غير المتغيرة والمتوازنة من علامات الصحة الجيدة.
وتقدر الكائنات الحية الدقيقة الموجودة في القناة الهضمية بحوالي (1410) أو (100000000000000) كائن حي دقيق. وهذا يعني مائة ألف بليون خلية ، وهذا العدد يفوق بكثير عدد خلايا جسم الإنسان. وتحتوي المعدة على 1000 كائن حي دقيق لكل جرام من محتويات المعدة ، والغالبية منها تتحطم قبل ترك المعدة ، ومع ذلك ينجو البعض تأثيرات عصارات المعدة ويستوطن في الأمعاء. الكائن الحي الوحيد الذي يمكن له الاستيطان في المعدة يطلق عليه هليكوبكتر بالوري Helicobacter pylori وقد تم اكتشافه أخيرأ سنة 1982 م.
وتحتوي الأمعاء الدقيقة على ما بين 410 إلى 610 (10000 - 1000000) كائن حي دقيق لكل جرام من محتويات الأمعاء الدقيقة. وهذا يمثل أكثر مما هو موجود في المعدة وأقل عما هو موجود في الأمعاء الغليظة. بينما تحتوي الأمعاء الغليظة على ما بين 1110 إلى 1210 كائن حي دقيق لكل جرام من محتويات الأمعاء الغليظة (شكل 1).
