ويضم هذا المتحف بعضا من الآثار المضبوطة بالتعاون بين وزارتى الداخلية والثقافة حيث يضم كثير من القطع الأثرية التى ضبطت فى قضايا تهريب الآثار حيث تم تقسيم هذه التحف فى العرض المتحفى طبقا لعصورها التاريخية من العصر الفرعونى إلى عصر محمد على باشا
حيث يضم المتحف توابيت وتماثيل خشبية وموائد القرابين الفرعونية وتماثيل من البرونز وأواني من الفخار ومجموعة كبيرة من أدوات الزينة وكلها فرعونية
كما يشتمل المتحف أيضا على آواني من الزجاج وعملات برونزية ونحاسية وسبائك من الفضة ، وعدد كبير من التمائم وكلها يعود تاريخها إلى العصر اليونانى والبطلمى ، كما يوجد بعض الآثار إلى التى يرجع تاريخها على الفن القبطى ويشتمل على مجموعة من العرائس من العظم والعاج والأيقونات والأواني الفخارية وبعض أنواع الأسماك البرونزية بالإضافة إلى شواهد القبور وبعض قطع النسيج المصنوعة من الصوف.
أما آثار العصر العثمانى فتتمثل فى مجموعة من المخطوطات منها مصحف شريف باللغة العربية بخط اليد، بالإضافة إلى مخطوط باللغة الفارسية وأخر باللغة التركية، بالإضافة إلى مجموعة من الألواح المنحوتة بالخط الكوفى لبعض آيات من
القرآن الكريم، ثم صندوق من الخشب المطعم بالصدف والعاج مقسم إلى ثلاثين جزءا وهو يمثل عدد أجزاء القرآن الكريم الثلاثين.
هذا بالإضافة إلى بعض عملات من الفضة والنحاس وبعض العملات الذهبية الخالصة ودنانير ونصف دينار من العصر العباسى والأيوبى والفاطمى ، أما التحف المضبوطة من عصر محمد على باشا أهمها أسلحة وسيوف ودروع وبنادق وطنجات
وكذلك مجموعة من شواهد القبور وبعض الأوانى الخزفية وبعضا من العقود التى تحتوى أحجار كريمة وكذلك مجموعة من النياشين والأوسمة والقلائد إضافة إلى عدد من الأختام هذا بالإضافة إلى سرير الأمير أحمد فؤاد ابن الملك فاروق ضبط قبل أن يتم تهريبه.