المسائل الخلافية هي التي تكون محل اجتهاد، وليس فيها نص صريح، ولا دليل صحيح يرجح أحد القولين، ووقع فيها الخلاف بين الأئمة المشهورين، وهي تتعلق بفروع الشريعة، فهذه لا ينكر بشدة على أحد المجتهدين مثل: الجهر بالبسملة، والقراءة خلف الإمام، والتورك في الثنائية، وقبض اليد بعد الرفع من الركوع، وعدد تكبيرات الجنازة، ووجوب الزكاة في العسل وفي الخضروات والفواكه، والفطر بالحجامة، ووجوب الفدية على المحرم إذا نسي وقص شعره أو تطيب ناسيًا ونحو ذلك.
فإن كان الخلاف ضعيفًا، ومصادمًا لنص صريح فإنه ينكر على من تركه، ويكون الإنكار بالدليل، كرفع اليدين عند الركوع والرفع منه، والطمأنينة في الركوع والسجود والرفع منهما، والتأمين مع رفع الصوت به في الجهرية، والصلاة على النبي صلى الله عليه وسلم في التشهد، ووجوب السلام للخروج من الصلاة ونحو ذلك.
أما إذا كان الخلاف في العقائد كصفة العلو والاستواء، وإثبات الصفات الفعلية لله تعالى، وخلق أفعال العباد، والتكفير بالذنوب، والخروج على الأئمة، والطعن في الصحابة، وصفة البداء لله تعالى، والغلو في علي وذريته وزوجته، وإخراج الأعمال من مسمى الإيمان، وإنكار الكرامات، والبناء على القبور والصلاة عندها ونحو ذلك، فهذا ينكر على من خالف فيها بشدة؛ حيث إن الأئمة متفقون فيها على قول السلف، وإنما جاء الخلاف من المبتدعة أو من بعد الأئمة، والله أعلم.