استنكر الدكتور محمد البرادعي -المرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية- تقديم الناشطة أسماء محفوظ إلى القضاء العسكري، وكتب على حسابه الشخصي بموقع التواصل الاجتماعي تويتر معقبا على القضية: "تقديم أسماء محفوظ للقضاء العسكري ومبارك والعادلي للقضاء المدني هو إجهاض لكل ما قامت الثورة من أجله، أوقفوا هذه المهزلة فورًا". وكانت النيابة العسكرية قد أخلت سبيل أسماء محفوظ بكفالة 20 ألف جنيه، وأعلنت النيابة العسكرية، أنها سوف تحدد جلسة خلال 15 يوما لمحاكمة أسماء. ويطالب حقوقيون ونشطاء وسياسيون بوقف تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، ويشيرون لتحويل 11 ألف مدني إلى النيابة والقضاء العسكريين خلال الأشهر الستة الماضية، منذ تولي المجلس الأعلى للقوات المسلحة إدارة شؤون البلاد، وفقًا للمصري اليوم. وأكد اللواء عادل محمود المرسي -رئيس هيئة القضاء العسكري- الاحترام الكامل لحرية الرأي في حدود القانون، مشيرا إلى أن القضاء العسكري لا يصادر رأيا، لكن يحقق فيما جرّمه قانون العقوبات المصري وفقا لاختصاصاته المحددة بقانون القضاء العسكري. وأضاف المرسي أنه لا أحد ينكر أن لكل مصري الحق في أن يبدي رأيه بحرية تامة في كل المسائل والأمور، ما دام يلتزم الموضوعية، ولا يؤاخذ على ذلك ما لم تتضمن آراؤه مساسا بحقوق الآخرين والتشهير بهم أو الحط من كرامتهم، فإذا تجاوز الرأي هذا الحد وجب العقاب عليه باعتباره مكونا لجريمة سب أو إهانة أو قذف حسب الأحوال. وأضاف رئيس هيئة القضاء العسكري: "إننا ضد إطلاق الشائعات التي تكدر الأمن العام وتمس أمن الوطن، فحرية الفرد تقف دائما عند حد المساس بحريات الآخرين، وإن القضاء العسكري لا يصادر رأيا، وإنما يحقق فيما جرمه قانون العقوبات المصري وفقا لاختصاصاته المحددة بقانون القضاء العسكري". وتعرض المجلس العسكري لانتقادات حادة، خاصة بعد اتهامات اللواء حسن الرويني -عضو المجلس وقائد المنطقة المركزية- للنشطاء بتلقي تمويل أجنبي، كما انتقد النشطاء ما سموه "التعذيب والتعدي على النشطاء في السجون العسكرية"، وهو الأمر الذي دأب المجلس على نفيه، إلا أن منظمات حقوقية مصرية ودولية أكدت حدوثه، كما توترت العلاقات بين النشطاء والمجلس عقب اتهامه حركة 6 أبريل بالسعي لإحداث وقيعة بين الجيش والشعب، وهو الأمر الذي استنكرته الحركة ونفته.