رصد العديد من المنظمات تجاوزات واسعة، صاحبت عملية التصويت فى الاستفتاء على تقرير مصير جنوب السودان، كان أبرزها انطلاق حملات الدعائية للحركة الشعبية المؤيدة للانفصال من الكنائس، وحملات ذات طابع دينى عبر بيانات مكتوبة تم توزيعها، تدعو للانفصال. وذكرت الشبكة الدولية للحقوق والتنمية غياب الحياد من قبل بعض موظفى مراكز الاقتراع من خلال حثهم الناخبين، بطرق مختلفة، على التصويت لصالح الانفصال، علاوة على أن الحبر المستخدم لم يكن بالمواصفات الفنية المطلوبة، وكان يشبه إلى درجة كبيرة لون بشرة سكان الجنوب، الأمر الذى يصعب معه التعرف على الناخبين والذين صوتوا، الذين لم يصوتوا.
ولوحظ أن الأرقام التى كانت تعطى من قبل مدراء المراكز عن عدد المصوتين لم تكن تتناسب وحجم استيعاب صناديق الاقتراع أحيانا، إضافة إلى ارتفاع أعداد الناخبين على الكشوف فى اليوم الثانى مباشرة وهذا يتنافى مع متوسط الزمن المخصص للتصويت، وأضافت المنظمات أن المراقبين تعرضوا للتهديد ومسح الصور التى تم التقاطها والتضييق وتم منع جميع المراقبين الدوليين من الخروج من جوبا إلى القرى المجاورة إلا بعد الحصول على تصريح من وزارة الداخلية فى الجنوب، الأمر الذى أدى الى إعاقة مراقبة الاستفتاء فى المناطق المجاورة لجوبا. واستطاعت «المصرى اليوم» أن تحصل على عدد كبير من الصور تؤيد هذه الخروقات.
ولم تقف الخروقات عند هذا الحد، حيث كان هناك تدخل أمنى واضح وتدخل من الجيش الشعبى، فضلا عن التضييق على حركة المراقبين، وقال «ديب» إن أحد مراقبى بعثتهم وهو نرويجى تعرض للعنف ووجهت له إهانات ومسحت كل الصور التى كان قد التقطها، وأضاف أن مراقباً آخر يتبع لبعثتهم، فرنسى الجنسية، صوب سلاحه إلى رأسه وطلب منه أن يقدم اعتذارا إلى أفراد الحاجز العسكرى خارج جوبا لأنه لم يكن يحمل تصريحاً عسكرياً. وأضاف أنهم تلقوا الكثير من الشكاوى عن تصويت أفارقة فى عدة مراكز بالجنوب.